由于父辈之间是好友，个性开朗粗犷的少年树多村光（入野自由 配音）和月岛若叶（神田朱未 配音）成为了青梅竹马的好友，两人间有着以甲子园为舞台的美好约定。没想到，11岁时，若叶不幸落水身亡，在悲痛之中，光将两人的梦想默默的埋藏在了心底。作为若叶的妹妹，青叶（户松遥 配音）所感受到的悲伤是他人的数倍，可是，从小就热衷于棒球运动的她选择了咬紧牙关，以实际行动来祭奠姐姐的去世。　　转眼间，光升入了高中，为了完成和若叶的梦想，光加入了棒球队，没想到却被编入了毫无用武之地的“肥料组”。隔年，青叶也考入了同一所学校。在青叶的鼓励下，光和队友们开始了以甲子园为最终目标的严酷训练。只要不放弃棒球，我们就能够永远的在一起。只要我们能够聚在一起，那在角落里默默等待着的，代表着幸福的四片叶的三叶草，就绝对会有被发现的那一天。

【STORY】　　生活着众多从未见过的新的Pocket Monster的新的世界，踏上伊苏地区的旅行。　　熟悉的组合，小智和皮卡丘，现在的两人又了微妙的变化，新的关键词是「速度感」和「新鲜感」　　在伊苏地区旅行的小智，一个接一个遇到新的Pokemon们以及全新的口袋妖怪训练师们。以从未有过的速度展开Pokemon训练师之间的对战，新加入的伙伴们陆续登场，还有从不认输的皮卡丘带来的新的变化，Pokemon的终极进化！你从未见过的Pocket Monster新世界的冒险即将展开！【STAFF】　　总监督汤山邦彦　　监督须藤典彦　　系列构成富冈淳广　　人物设计山田俊也　　总作画监督广冈岁仁　　美术监督钱村本义　　色彩设计吉野记通　　摄影监督白井久男　　编辑边见俊夫　　音乐宫崎慎二　　音响监督三间雅文　　【CAST】　　小智：松本梨香　　爱丽丝：悠木碧　　田都：宮野真守　　武藏：林原惠　　小次郎：三木眞一郎　　喵喵：犬山犬子　　皮卡丘：大谷育江　　龙牙兽：津田美波　　小球獭：福原美里　　藤叶蛇：林原惠　　暖暖猪：水田芥末　　杂耍(暂译)：藤村知可

2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石 珍珠》（Pokémon Diamond Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。　　《神奇宝贝珍珠 钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。