经过修复和重新剪辑的终极版《东邪西毒》。片子取材于金庸的武侠神作《射雕英雄传》，但故事的主线变成了原著中不受人待见的欧阳锋（张国荣 饰）。欧阳锋因为昔日恋人（张曼玉 饰）赌气嫁给兄长而离开家乡白驼山，来到大漠中开了一家专门介绍杀手的酒舍。在沙漠的自我放逐中他重逢了好友黄药师（梁家辉 饰），遇见了精分的慕容嫣（林青霞 饰），深情的想念妻子桃花（刘嘉玲 饰）却不想相见的夕阳武士（梁朝伟 饰），倔强的复仇孤女（杨采妮 饰），初来闯荡江湖的不穿鞋的洪七（张学友 饰）。在经历了他人的生死、感情纠葛之后，欧阳锋得知了恋人的死讯，一切得到释然后他烧毁了酒舍，离开了沙漠……　　修复版和94年版在画面、时长、配乐、标题、对白、镜头上都略有不同。

年轻有为的广告设计师卢家耀（梁家辉 饰）在一次阻止不良分子寻衅滋事中失手伤人，被判服刑三年，在狱中，他因个性憨直得罪了黑帮老大，受尽欺辱，老囚犯钟天正（周润发 饰）看不过仗义相助，两人结为患难之交。　　钟天正原本有完好家庭，只因嗜赌成性才误杀妻子，身陷囹圄的他追忆往事时后悔不已， 决心走出高墙后重新做人。然而，因为替卢家耀出头，他得罪了狐假虎威心狠手辣的典狱长（张耀扬 饰），自此卷入狱中恶势力的漩涡，走投无路之际，他放弃了“能忍则忍”的处世哲学，决意以暴施暴。

悍匪龙志强，在香港回归前，趁香港英政府不作为，而屡犯巨案，先后绑架富豪利家及雷家之长子，勒索超过二十亿元，事主怕被报复, 交赎款后都不敢报警。中国公安部极为关注，与香港警方合力，派香港警员何天卧底潜入龙志强犯罪团伙，发现他正策划绑架澳门富豪贺不凡，最终陆港警察合力勇擒龙志强，救出贺不凡。

六十年代，香港警察受贿成风，赌档粉档与中间人、警方组成的利益链大肆吸金，十年内警方受贿数额达当时的百亿港币之巨。　　九龙城区便衣火麒麟（黄秋生 饰）为破案不择手段，上峰施压，火麒麟如常去街上拉人顶罪，大学生韩志邦（方力申 饰）遭其陷害毒打，韩母托老警员找到警方与帮会的中间人猪油仔（王晶 饰）出面搭救得脱。人称乐哥的徐乐功（梁家辉 饰）时任华人总探，为人狂妄，出手大方。陈细九（陈奕迅 饰）心地善良尤擅察言观色，深得乐哥赏识，短短五年之内由普通便衣晋升至筲箕湾区探长，但代价之一是家中为掩人耳目收留了各位大哥的九名情妇……　　1974年，香港的贪污恶风震动国际，廉政公署成立，长官严国梁（林保怡 饰）聘用大学生韩志邦、失意警员火麒麟等组成第一批廉政专员队伍，严厉打击香港的地下规则。陈细九因贪污案发人财两空之际，却意外的发现了此生真爱……

Mark哥（周润发 饰）和志民（梁家辉 饰）是堂兄弟，两人是越南华侨，现正在香港发展。岂料越战打响，两人都十分担心仍然居住在越南西贡的志民的父亲松叔的安危，为了凑足钱将志民父亲接到香港，两人决定帮当地黑帮走私军火到越南。岂料他们在越南遭到了丧邦的伏击，关键时刻幸亏香港黑帮老大的女友英杰（梅艳芳 饰）及时相救，两人才幸免于难。逃过一劫的三人在西贡渡过了一段快乐时光后，英杰辞别了两人。随后Mark哥和志民将松叔顺利接回了香港。回港后，两人过着安稳平静的生活，只是一直都没有打听到恩人英杰的消息。突然有一天，英杰出现了，重逢令三人都十分开心。只是，一场祸事也在悄悄逼近……

李红（张曼玉 饰）和丈夫南生（梁家辉 饰）本是生活在广东番禹的一对夫妻，后来在李红的努力下，终于成功申请到了去美国签证，南生则留在国内等待机会。李红到了美国后发生改变，写信告诉丈夫自己想回家。南生一直劝慰鼓励她，直至南生收到那封申请离婚的信，他一方面难以相信，另一方面也担心妻子，遂偷渡到了纽约。南生初到美国，人生地不熟，因为偷渡者的身份更是连同学拒绝收留他。在走投无路之时，南生结识了一位有中国血统的15岁妓女Jane，暂时安顿下来的南生继续寻找妻子。南生渐渐了解了一些关于妻子在美国生活的片段，南生当初的想象一点点被颠覆，本来想帮助妻子的他也快心灰意冷了。突然一天，分别多年的两人竟然偶遇，而一切都已不再如前……

警官黄伟（梁家辉 饰）被借调调查一件涉及警员犯罪的案子，为搜集证据，黄伟犯险入狱。火烧岛典狱长（柯俊雄 饰）治下的监狱充斥着暴力、不公，以及制度化的犯人殴斗。黄伟很快在狱中结识了室友小朱（庹宗华 饰）和因思念儿子多次越狱的刘世杰（洪金宝 饰），并经历了帮派人物大林（高捷 饰）的入狱洗礼。台球选手大锤（成龙 饰）因误杀帮派大哥钢珠（刘德华 饰）之弟入狱，大林受命向大锤复仇，此事被狱中大哥桂老大（王羽 饰）调解。黄伟、大锤等四人被典狱长吸收进入“清风队”，在执行暗杀任务的过程中，黄伟意外的发现了自己追查多时的幕后真凶。

整日醉生梦死的小工人林守一（李修贤 饰）当年曾是一名优秀干练的皇家警察，后来他因酒后殴打嫌疑人而被停职查办，感情一向不和的妻子Judy也趁机与其离婚。数年后，重案组警探程曦（梁家辉 饰）及其助手铁男带着男孩小念找到林，原来林的前妻不久前被人入室杀害，只有儿子小念幸免于难。经过一段时间相处，父子俩由疏远逐渐亲密起来，林也决定找出杀害前妻的凶手。　　几经辗转，程和林找到Judy生前的室友——美丽的女模特Ellen方（郑文雅 饰），询问之后一无所获，而他们的造访却给Ellen带来巨大的麻烦……

建筑师托尼（梁家辉 饰）的个性十分木讷老实，以至于他暗恋同时艾琳（陈雅伦 饰）多年，却总也鼓不起勇气表白，更糟的是，艾琳已有一位感情亲密的男友，托尼的单恋似乎注定不会有结果。一次偶然中，托尼被猛鬼缠身，索性得到名为嘉嘉（关之琳 饰）的女鬼相助才得以脱身，也正因为这件事，托尼拥有了能与嘉嘉心意相通的特异功能。　　得知了托尼的苦恋，热心的嘉嘉决定帮他一把，一番波折之后，艾琳终于离开了男友，投入了托尼的怀抱，可是，直到这时，托尼才发现自己其实早已经深深的爱上了嘉嘉，无奈人鬼殊途，无法承受分离之苦的托尼竟然决定殉情。

宦官专权的明朝中叶，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚 作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。　　洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事一触即发。